Podem me ajudar , pq nao esta a funcionar

nao pode ser do genero criar uma int p=0 e simplesmente comparar com o x00 se for igual p++ se nao erro e fecha o programa

Não entendi, mas de qualquer forma o que eu mostre foi só uma sugestão rápida. A questão é: É possível fazer o que vc quer, então é só vc implementar do jeito que faz mais sentido pro seu problema.

ok eu vou ver se consigo fazer como estou a pensar mas muito obrigado

da sua maneira o programa avisa que esta desorganizado mas organiza
eu quero que ele dê erro e avise o utilizador para ele organizar o ficheiro

Pra não organizar, remova a linha Arrays.sort(tmp);.

Pra encerrar vc poderia fazer algo assim:

if (!Arrays.equals(tmp, tmp2))
  return false;

mas nao da para fazeer c o primeiro codigo sem precisar do tmp array??

Vc tem que me explicar melhor o que vc quer. Deu erro? Qual erro? Ainda não é o que vc quer? Qual o problema com o array tmp?

o utilizador escreve aquele ficheiro de texto
como o ficheiro nao esta correto quero que o programa avise o utilizador e termine

nao estou a conseguir explicar bem desculpe

Assim tá saindo:

case "x":
case "X":
  String[] tmp = exlinha.split("[,\\s]+");
  String[] tmp2 = Arrays.copyOf(tmp, tmp.length);
  Arrays.sort(tmp);

  if (!Arrays.equals(tmp, tmp2)) {
    System.out.println("Não está organizado");
    return false;
  }

  x = String.join("=", tmp).split("=");

assim organiza e escreve a matriz , eu quero mesmo que dê erro no programa e nao escreva nada

sim assim ja esta certo afinal , peço desculpa n tinha reparado , muito obrigado

boas, surgiu outro problema , o utilizador nao pode inserir numeros negativos como faço isso??

Não tenho certeza, mas acredito que vc vai ter que fazer a verificação dentro daquele for que vc transforma em Doubles.

for (int i = 1, y = 0; i < x.length; i += 2, y++) {
  countClasses = i;
  vetor[y] = Double.parseDouble(x[i]);
  System.out.print(vetor[y] + " ");
}

No caso seria algo assim:

if (vetor[y] < 0)
  // mostra mensagem de erro aqui
else
  // faz o print normalemente aqui

sim acho que resolveu o problema , muito obrigado