[quote=lkbm]parece que a empresa assumiu o menor risco uma vez que lucrava mais todo esse tempo e agora que a merda atingiu o ventilador tudo que precisa fazer é culpar os novatos e descartas os PJs. 
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Não assumiu o menor risco. Ela assumiu o maior risco - justamente por estar arriscando a levar o processo trabalhista.
A negociação, se respeitada, pode ser vantajosa para ambas as partes. Como CLT, você paga até 27,5% de imposto, contra 15% como PJ. O governo também exige que você invista na poupança parte do seu dinheiro, no FGTS e no INSS - o que por sinal, é um péssimo investimento - sem falar no fato de parte desse dinheiro ficar imobilizado.
Finalmente, há encargos para ambas as partes como você ter que pagar 1 dia do seu salário para o sindicato. Facilmente, como CLT, seu salário liquido ficará muito abaixo do salário bruto.
Assim, um acordo informal pode ser vantajoso. Afinal, a empresa não paga para o PJ o mesmo valor liquido que paga para o CLT. Como o colega explicou, você consegue facilmente um valor de 1.5x até 1.8x maior como PJ - o que é aproximadamente o cálculo dos encargos trabalhistas envolvidos para o lado do funcionário. Para você fica a vantagem de receber esse dinheiro e poder gastá-lo ou aplicá-lo como quiser.
A crítica do colega é justamente na molecagem: ou seja, não aceitar os contratos. Se você aceitou trabalhar nas condições x, especialmente em nossa área, onde você tem muita escolha, mantenha-se nas condições x. Se estiver insatisfeito, tente renegociar e se isso não der certo, troque de emprego, mas honre seu contrato. Se a empresa só agiu de acordo com o que foi combinado, tenha a hombridade de não processa-la.
Agora, se o cara faz um contrato já com sangue nos olhos e mete a empresa no pau depois, ele está sendo anti-ético. Se ele faz por vingança, também está. Entrar com recurso na justiça deveria ser para casos de injustiças, ou seja, de alguém não cumprir com o acordo previamente estabelecido.
Mas para a empresa sendo processada, após o funcionário confirmar vínculo, a justiça encara aquele salário no contrato PJ com um salário de CLT e cobra todos os encargos prévios mais multa, o que representa multas de centenas de milhares de reais. E isso é injusto com a empresa, pois ela não teria fechado um salário com você num valor tão alto se você tivesse optado por ser CLT desde o início.