Problema compilação de aplicação IntelliJ

Tenho um projeto Java Web (Maven) que foi iniciado na IDE IntelliJ à mais ou menos 2 anos e à um ano migrei esta aplicação, para o Netbeans. Faz uma semana resolvi migrar a aplicação novamente para o IntelliJ.

Desde o início houveram várias alterações no projeto, pois evoluiu muito.

O problema que está acontecendo, é que após migrar para o IntelliJ, ao fazer o build da aplicação, muitas classes geradas são geradas em versões antigas, ou seja, a classe gerada fica muito diferente da classe atual da aplicação. Mesmo fazendo alterações, a IDE faz o build da aplicação e algumas classes continuam como a antiga.

O interessante é que algumas alterações são compiladas e outras não, continuam como a versão antiga da IDE.

Cheguei a reconstruir totalmente a aplicação, criando um projeto novo e copiando código por código para as classes da aplicação, e mesmo assim, ao compilar, essas classes após compilada não mudam.

Removi a pasta .m2/repository e nada mudou.

Por favor, alguém já passou por isso?
Muito obrigado