Problemas com o GITHUB

Já procurei mas não encontrei resposta sobre o que acontece, toda vez que subo um arquivo para o um repositório aparece “Compare e Pull Request” e não da opção para aceitar e deixar o arquivo ficar visivel.

Isso acontece pq vc está enviando alterações no branch master e no seu repositório o branch principal é o main.

Para enviar as alterações do master para o main você deve criar o pull request clicando no botão que aparece ali, quando for redirecionado para a outra tela clique no botão que confirma a criação do pull request, após isso o botão de merge vai aparecer habilitado.

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Eu descobri o problema o motivo era que o README.md criado no repositório estava dando conflito, você saberia dizer o motivo disso acontecer?

Quando um mesmo arquivo tem modificações em versões diferentes dele ocorrem os famosos conflitos!
O git não consegue fazer a mesclagem sozinho, porquê ele não sabe qual versão editada ele deve manter e qual ele deve descartar, você precisa realizar esse trabalho manualmente nesse caso.

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@Jonathan_Medeiros sobre esse assunto. Gostaria de uma ajuda.
eu quero deixar 2 ou mais de 2 branchs sendo desenvolvidas e enviadas para o github mas sem criar os pull request. Saberia me informar se tem como ?

Exemplo:
Master
Feature 1
Feature 2

Todas as 3 sendo desenvolvidas cada 1 com arquivo diferente e depois eu faço um merge de todas.

Sempre que tiver dúvidas o ideal é criar um novo tópico, assim sua dúvida fica muito mais visível para que diversos membros possam colaborar!
Além de evitarmos reviver tópicos antigos com assuntos que apesar de próximos divergem do objetivo inicial do tópico existente.

Sobre sua pergunta: Sim é possível, basta criar os branchs e trabalhar normalmente em cada um deles, o ato de fazer um PR (Pull Request) só existirá quando você tiver a intenção de mesclar 2 branchs únicas no seu repositório remoto (github).