No mapeamento das classes não necessariamente a terceira tabela do relacionamento ManyToMany deve ser criada no código java, mas gostaria da opinião de você;
Exemplo clássico, Pedido e Produto. Existe a tabela itensDePedido.
Relacionamento ManyToMany de Pedido para Produto e de Produto para Pedido.
Como vocês fazem para não quebrar o ManyToMany e inserir os campos na tabela itensDePedido; dataDoPedido, quantidade?