Primeiramente, boa noite galera!
Acho que é uma questão meio boba, mas enfim se não perguntar só vou saber tarde ( não consegui encontrar nada relacionado pesquisando), quais são os conhecimentos em Windows necessários a um programador? e se isso for determinado pela área o qual o programador atua quais seriam as que necessitam de um conhecimento mais avançado do mesmo?
Depende do que voce vai usar do Windows. Se por exemplo vai usar o IIS, consequentemente tem que ter conhecimento.
Boa noite Cyberahou, cara nenhuma pergunta é boba, sério, já ouviu falar que o óbvio não existe? Se sim, agregue isso pra sua vida, se não ouviu. O ÓBVIO NÃO EXISTE! Se você não conhece nada de programação e eu te peço pra escrever um “Olá, mundo” porquê é muito fácil… você não vai saber, pq vc não tem esse conhecimento ainda, o óbvio só existe pra o indivíduo.
Respondendo: AO MEU VER, creio que você vai precisar de um nível mediano, vai precisar criar variável de ambiente, desabilitar firewall ou adicionar portas na exceção… Essas coisas se você não souber, existem vários vídeos na internet mostrando como se faz, são coisas de poucos minutos, mas que as vezes dão uma dor de cabeça. Também tem uns bugs meio doidos do Windows que você vai precisar contornar.
Agora se vc quer ir além de programação, linguagem de baixo nível e etc, vc vai precisar de um conhecimento maior…
Obrigado, e vou levar o “O ÓBVIO NÃO EXISTE!” em meus futuros pensamentos 
, então conhecimentos medianos… irei atrás de aprender assim como Windows Servers, eu acabei deixando o Windows na época do XP, cheguei a dar umas futricadas no Win7, mas desde então acompanho por notícias e etc.
Esse site aqui tem uma pancada de artigo pra aprender sobre o Windows, do básico ao avançado.