O que está errado? Segue o código e o erro.
Obrigado 
O erro é porque você cria a lista notas com tamanho 1, nunca aumenta o tamanho dela e depois tenta acessar elementos nas posiçoes 1,2, etc… que nao existem.
Dentro do while, substitua o:
notas[i] = int(input...
por
notas[i].append(int(input...
Isso deve parar o erro… mas nao garante que o resto da lógica esteja certa.