Você faria um sistema php ou jsp hoje (quais vantagens e desvantagens)?

JSP não, há soluções bem mais fáceis hoje em dia, a menos que vc tenha que trabalhar usando ele, não vejo nenhum motivo pra usar.

PHP é bem poderoso, pra quem gosta e desenrola fácil não vejo problemas (eu nao iria pq não conheço muito e particularmente não gosto).

Prefiro ReactJS/Vue

grato pelo retorno, parece que é melhor ir de php

Minha linguagem principal é o PHP e digo sim que vale bem a pena. Apesar de eu não gostar muito de trabalhar com ele para renderizar dados no front end, pois prefiro react, é bem facil de usar ele no back end e integrar os dois.