Faz um tempo que não brinco com isto, mas pelo eclipse dá para escolher o device (que não seja o emulador).
Quando eu vou instalar um apk qualquer eu costumo jogar o apk no apache e acesso o link pelo navegador do Android.
O Android faz o download e em seguida é só selecionar o apk que ele instala.
Pensando desta forma é possível jogar o apk direto na pasta de downloads (através do usb). Pelo Android você vai na pasta de downloads e seleciona o apk, isto também deve funcionar.
Espero ter ajudado em alguma coisa.
Se ficou meio confuso eu posso tentar explicar de outra forma. ^^
Se você usa o Eclipse como IDE basta conectar o seu celular, ativar o modo depurador do celular (Configurações > Aplicações >Desenvolvimento) e manda rodar (Run Android Application) como Emulador.