kra pelo eclipse mesmo vc vai consegui gerar o jar, tenta da uma olhada se o seu projeto ta setado na classe pai, pq se nao nao vai rodar mesmo
A e quanto a gerar manuamente eu um tutorial aqui mesmo no guj, q vc pode estar olhando, basta dar uma procuradinha
Eu uso o EclipseME, no linux, porém quando mando criar o Jar e o Jad ele são mal configurados, por eu estou perguntado qual a melhor maneira de configurá-lo, e como configuro corretamente.