Uma forma comum de uma aplicação Java ME se comunicar com um servidor é obtendo uma conexão de rede com o mesmo e utilizando HTTP. Como a sua aplicação é Swing e não roda em um servidor HTTP, fica um pouco mais complicado…
Uma forma de você contornar isto seria iniciando o Jetty (que é um web container bem leve) de dentro da sua aplicação Swing, disponibilizando uma pequena aplicação web para a interação com o dispositivo móvel. Na MundoJava 19 tem um artigo bem bacana sobre o Jetty e como iniciar ele de dentro de uma aplicação.